La Marine a renversé le gouvernement pour acquérir plus de puissance, pour exterminer plus facilement les pirates et les révolutionnaires. Après cette prise de contrôle, le Gouvernement Mondial n'existe plus, seul la Marine a le total contrôle sur le monde entier. Mais ça na pas empêché les pirates de continuer leurs rêves de chercher le One Piece, le trésor caché du seigneur des pirates Sayuki. Quant aux révolutionnaires, ils veulent toujours instaurer la démocratie, par conséquent leur nouvel ennemi est la Marine. Mais cette dernière a un nouvel adversaire, les Héritiers, ce sont les successeurs des nobles et des partisants de l'ancien gouvernement . Les Héritiers veulent renverser la Marine pour remettre l'ancien Gouvernement Mondial en place. Les chasseurs de prime son toujours a la recherche des tête mises à prix. Les CP9 sont sous les ordres des Héritier en tant que troupe de choc. Les Capitaines Corsaires ont été rappelés à l'ordre par la Marine, ainsi ils ont prêté serment d'arrêter révolutionnaires, pirates et Héritiers. Une grande guerre se prépare donc, encore plus violente que jamais.
Remarque : Le contexte de One Piece Millénium se situe dans une réalité alternative au manga.